В 1887 было принято решение о строительстве Транссибирской магистрали. Иркутяне оживленно обсуждали все, что было связано с железной дорогой. По некоторым проектам трасса должна была пройти мимо города. В 1888, когда по городу поползли слухи, что будущая магистраль не захватит города, на заседании Городской думы было решено послать депутацию во главе с городским головой В. П. Сукачевым к генерал-губернатору с ходатайством о том, чтобы линия проходила и через Иркутск. Железнодорожная экспедиция местом для крупной товарной станции избрала пункт между Вознесенским монастырем и рекой Иркутом, что было очень удобно для соединения Томско-Иркутской дороги с Забайкальской. Пассажирский же вокзал решено было разместить в деревне Глазково. Изготовление кирпича для постройки вокзала велось на Кайской горе, богатой залежами высококачественной глины.
Первый поезд пришел в Иркутск 16 августа 1898. В Иркутске располагалось управление железной дороги. Дом этот известен в Иркутске как Дом Кузнеца (ул. Дзержинского, 36). Кроме традиционных поездов, Забайкальская железная дорога организовала движение специального курьерского поезда, который связывал Иркутск с Москвой. Время в пути составляло всего 9 суток. Поезд состоял из багажного вагона, буфета-столовой, одного вагона первого класса и двух вагонов второго. По Забайкальской железной дороге в 1902 курсировал особый состав «Молния», который делал в час около 60 верст. В 1914 время пути от Иркутска до Москвы сократилось до 6 суток.
Иркутск стал крупным железнодорожным узлом. В 1899 открылась товарная станция. В 1900 завершается строительство отрезков дороги Иркутск – Байкал, Мысовая – Сретенск.
Долгое время поезда шли лишь по одному пути. Второй, от Омска до Иркутска, уложили лишь в 1909. Когда строительство Транссибирской магистрали было завершено, дорогу разделили на 3 самостоятельных участка: Сибирский – от Челябинска до станции Иннокентьевская (Иркутск Сортировочный); Забайкальский – от Иннокентьевской до Сретенска; Уссурийский – от Владивостока до Хабаровска.
